富士五湖は、古富士火山の噴火で流出した溶岩が、周囲の山との間にできた谷川をせき止めて誕生したと言われています。初めは三湖 (河口湖、山中湖、セの海)でしたが、 貞観（じょうがん）６年（８６４年）に富士山が大爆発を起こし、溶岩流が「セの海」に流れた。その時の溶岩量も相当に多かったようで、 １６キロ四方に及ぶ青木が原樹海のベースとなる地形がつくられ、噴出した溶岩流によって五湖に分断されました。 現在の西湖、精進湖、本栖湖は、三湖の時代は「せの海」と呼ばれる一つの湖だったことから、現在でも湖中でつながっているという説があります。 実際、これら三つの湖の水位は常に同じで、一湖が減水すればほかの二湖も減水することから信憑（しんぴょう）性がありそうですが、 異議を唱える学説もあり、これほど研究が進められた今日でも結論が出ていません。